Trong thời kỳ nội chiến, thành phố này là một nơi đồn trú quân của chính phủ trung ương miền Bắc ở Khartoum, còn khu vực chung quanh do quân nổi dậy kiểm soát, nhưng bây giờ thành phố này thuộc về nước Cộng hoà độc lập Nam Sudan sau khi ly khai khỏi Cộng hòa Sudan từ ngày 9.7.2011 và quân đội của chính phủ miền bắc đã rút về.

Sau cái chết của John Garang - người chỉ huy Quân đội Giải phóng Nhân dân Sudan –đã nổ ra cuộc bạo loạn trong thành phố vào ngày 1.8.2005 nhắm vào các người Ả Rập Sudan, vì đa số dân ổ đây cho rằng chính phủ miền bắc ở Khartoum đã dính líu vào cái chết của Garang. Các người Ả Rập Sudan bị tấn công và cướp phá cửa hàng kinh doanh cũng như nhà cửa. Đã có sáu người bị giết (cả Ả Rập và Sudan miền Nam). Kết quả là rất nhiều người Ả Rập đã rời thành phố này.

Vào cuối tháng 11 năm 2006 – sau khi đã có hòa ước giữa chính phủ miền bắc và Quân đội Giải phóng Nhân dân Sudan – lại nổ ra một trận chiến khốc liệt ở Malakal, khiến cho dường như hàng trăm người bị giết[2]. Kể từ đó, có nhiều cuộc tranh chấp giữa người Dunka ở Malakal và người Shilluk ở thành phố Kodok phía bắc về quyền sử dụng đất và nước.[3].Đa số các binh sĩ của Nam Sudan hiện nay trong thị trấn đều đến từ Bahr el Ghazal chứ không phải từ địa phương này.